分子动力学模拟包含相环境中的分子动力学模拟（如：扩散过程，溶剂化结构分析，团簇分析等）；聚合物体系，石墨烯、碳纳米管等碳材料体系，金属、无机矿物体系等的分子动力学模拟；气液、液液、固液等两相或多相界面分子动力学模拟。